Secara struktural Lembaga Pemeriksa Halal Universitas Jenderal Soedirman (LPH UNSOED) bertanggungjawab di bawah rektor melalui unit Pusat Halal. Namun demikian, LPH UNSOED merupakan sub-unit independen yang memiliki kemandirian dalam bisnis proses sertifikasi halal di Indonesia bersama Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal. LPH UNSOED memiliki kewenangan dan peran sesuai tata perundangan yang berlaku di Indonesia dan menerapkan sistem manajemen mutu berbasis kesesuaian persyaratan inspection agency sesuai ISO 17064 : 2012.